1958年3月，中共中央在成都会议上提出《关于在各省、自治区和专区建立科学机构和地质队的意见》。中共四川省委和四川省人民委员会第二届第一次会议据此决定，1958年7月１日成立中科院四川分院筹备处，由马识途负责筹备工作。同年11月11日，四川省人民委员会正式下发《关于正式成立中国科学院四川分院的通知》（〔58〕川办字第0722号），并在同年11月13日召开的四川省科学技术工作跃进会上正式对外宣布。 

　　四川分院是四川省的科学研究事业机构，受中科院和四川省双重领导，以四川省为主。四川分院的职责是领导和管理分院所属的科研机构和中科院在川科研机构，负责完成四川省分配的科研计划，协助中科院和省科委组织本省的学术活动和国内外科学联络工作，努力建成四川省科学研究中心。1958年7月至1960年，共建立24个研究所，职工2700余人。 

　　1961年1月，中共中央八届九中全会提出了“调整、巩固、充实、提高”的八字方针，四川分院以此为指导，将研究所缩减合并为15个，1962年进一步调整为10个，将民族所、哲学所、林业所、地质所、采矿冶金所、水工所等移交四川省有关部委厅局，保留农业生物、化学化工、物理、电子学、半导体、自动化等研究所，并将1959年改建的四川分院科学技术学校（中专）于1962年移交给成都市教育局恢复为成都市十二中。1962年职工千余人，固定资产1782万元。 

　　为贯彻“调整、巩固、充实、提高”的八字方针，中共中央于1962年批准国家科委和中科院党组关于全国地方科学研究机构的调整意见，撤销各省分院成立大区分院。1962年8月6日，中共四川省委以（62）字第196号文件批准撤销四川分院。 

　　二、中国科学院西南分院（1962-1970） 

　　1962年7月11日，中共中央西南局下发《中国科学院西南分院的建立和对原四川、云南、贵州三个分院机构精简和调整的意见》（〔62〕67号）文件，成立中科院西南分院。 

　　西南分院以中科院领导为主，是中科院统管西南地区院属科研单位的派出机构。原分属四川、云南、贵州三个分院的17个研究所调整为8个：西南贵金属研究所、西南技术物理研究所、昆明物理研究所、西南电子学研究所、西南有机化学研究所、贵州化学研究所、西南动物研究所、西南生物研究所。此后，成立中科院地理研究所西南地理研究室（1963）、西南分院直属厂（1965）、中科院重庆土壤室（1965）、中科院电子学所西南分所（1965，1966年改名为中科院西南电子学所）。 

　　为加强三线建设，1966年，中科院批准将中科院地理所的部分研究人员和管理干部迁至成都，与西南地理研究室合并成立西南地理研究所，同年还调出中科院地质所的地球化学部分，与贵阳化学所合并为中科院地球化学研究所。到1966年底，西南分院所属研究机构调整为12个。 

　　1966年下半年开始的“文化大革命”使科技事业遭到严重破坏，科研工作几近停止。1967年，西南分院的新技术处（〇四单位西南办事处）由军队〇三单位西南办事处接管。西南技术物理研究所划归国防科委第十五研究院。1968年3月，西南电子学所划归国防科委第五研究院迁往西安，该所的西南计算站划归在成都的国防科委第十一研究院，改名中国人民解放军总字821部队西南计算站，1969年第十一研究院撤销，该站划给五机部合并到岷光机器厂迁至灌县(都江堰市)。1969年9月，四川省革委会以川革发（68）158号文件批准成立西南分院革命委员会。 

　　1970年7月15日，中科院报经国务院批准，以（70）科学字第19号文件通知撤销西南分院，其机构、人员由所在省市安排。 

　　三、移交四川省管理（1970-1978） 

　　西南分院撤销后，所属的在川研究机构（有机化学所、生物所、地理所、金工厂、图书馆、重庆土壤室）均移交四川省管理。其中，有机化学所、生物所由四川省科技局领导，原单位冠名的“西南”改冠名为“四川”；图书馆与四川省情报研究所合并；金工厂移交给成都市领导，先后改名为成都金工厂和成都无线电八厂，1974年又划归省科技局领导，改名为四川省科学仪器厂；重庆土壤室一部分留西南农学院，一部分合并到渡口市（攀枝花市）农科院由渡口市领导；1971年，经国家计委批准，将迁往灌县的原西南电子学研究所计算站的部分科技人员调回成都，成立四川省计算站。至1977年底，移交给四川省管理的四所、一厂、一站有职工3400余人，固定资产3180万元。 

　　四、中国科学院成都分院（1978~至今） 

　　第一阶段：科学的春天（1978~1998） 

　　党的十一届三中全会召开以后，广大科技工作者迎来了科学的春天。1977年12月，经中央批准，中科院决定恢复成立中科院成都分院，并于1978年1月17日正式成立。成都分院是中科院的派出机构，受中科院和四川省双重领导，以中科院为主，其主要任务是：对成都地区院属科研单位党的工作和思想政治工作进行领导；代院加强对科研业务、生产、技术条件、公用事业等进行管理、检查、督促和组织协调；负责成都地区院属科研单位的规划和建设。 

　　成都分院成立后，收回了原西南分院移交给四川省管理的6个单位:成都化学研究所、成都地理研究所、成都生物研究所、成都计算站、成都科学仪器厂、成都图书馆，加上1975年由国防科委划归中科院的光电技术研究所，共有7个院属单位。1978─1981年相继成立了直属成都分院领导的土壤研究室、数理研究室、自然辩证法研究室和分析测试中心，其中自然辩证法研究室于1982年移交给四川省社会科学院，其他三个研究室(中心)在80年代末至90年代初分别移交给成都山地所、成都计算所和成都化学所管理。 

　　1978-1985年，成都分院各单位的科技事业进入一个崭新的发展时期，在科研、人才培养和学术交流等方面取得了较大进展，共承担科研课题584项，取得科技成果307项，187项成果获奖。其中国家级成果奖24项，院（部）重大科技成果奖70项，省（市）级科技成果奖93项；192项成果得到推广应用，其中24项成果经济效益在百万元以上。1979年至1985年招收研究生204人，选送出国培养105人，516人在职大、电大学习。至1985年底，职工由1977年的3405人增加到4507人；分院系统中高级科技人员1100多人。 

　　1990年，中科院按照国务院关于机构改革要“转变职能、下放权力、调整机构、精简人员”的要求，提出“一院两种运行机制”的发展模式。成都分院系统各单位在积极开展科研工作的同时，科技开发和第三产业也蓬勃发展。至1992年底，分院系统有各类科技开发及经营型实体60余个，产值达1.8亿元。地奥制药公司从1988年创办时年产值244万元增至1997年的7.5亿元，年均增长99%；年利税从62万元增至2.7亿元，年均增长110%，成为科技成果向现实生产力转化的典型代表。至1997年底，有各类企业70余家，当年销售收入11亿元，实现利税2.8亿元。 

　　经过十年的探索和实践，成都分院系统各单位科技体制改革取得了历史性进展，改革了原来单一、封闭的计划管理体制，科技与经济脱节的状况大有改观。技术开发型研究所走上了按市场机制运行，面向经济建设自主发展的道路，基础型研究所也积极探索适应社会需求的新路子，各单位主要科技力量都以各种形式投入国民经济建设主战场。 

　　第二阶段：知识创新工程（1998-2010） 

　　1998年，中科院启动知识创新工程试点工作。经过调整、优化，光电所、成都生物所、成都山地所、成都文献情报中心先后进入创新序列。2001年成都化学所、成都计算所、成都科学仪器研制中心改制为院直属控股公司，分别更名为成都有机公司、中科信息公司、成都唯实仪器公司。2002年成都分院机关进行全面改革。2003年中科院成都教育基地揭牌成立，成为中科院研究生培养的5个教育基地之一。2007年以成都有机公司为主体建设的手性药物国家工程研究中心奠基。同年，依托中科院盐亭紫色土农业生态站建设的四川盐亭水土保持科技示范园区成为全国首获批准的25个国家级水土保持科技示范园区之一。 

　　知识创新工程实施后，在院党组的领导和四川省委、省政府的支持下，成都分院根据院党组总体要求，紧紧围绕中科院赋予分院的职能，积极推进党建及领导班子建设、院地合作及促进成果产业化、人才培养及创新文化建设、园区管理、教育基地建设等，各项工作取得了丰硕成果，基本实现了中科院在西南地区综合性科学研究、人才培养、产业化三个基地的建设目标，为区域经济和社会发展作出了显著贡献。据不完全统计，成都分院获国家级奖励12项，部省级一等奖19项。 

　　2008年，四川省发生汶川大地震。重大灾情发生后，中科院按照党中央、国务院的决策部署，依托成都分院第一时间紧急动员全院力量，迅速组织跨所、跨学科救灾团队，发挥中科院在灾情监测、灾情评估、防灾减灾、应急救援、通讯保障、心理疏导等方面技术优势，协同作战，投身科技救灾与灾后重建。  

　　第三阶段：“创新2020”（2010-至今） 

　　2010年，中科院启动“创新2020”,提出“民主办院、开放兴院、人才强院”发展战略，确立出成果出人才出思想“三位一体”战略使命。2013年7月17日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平视察中科院，提出“三个面向”“四个率先”要求，为中科院发展指明了方向，成为中科院新时期办院方针。 

　　2011年3月，中科院、国务院三峡办、重庆市启动共建中科院重庆研究院，并于2014年10月正式成立。2012年3月，地奥心血康胶囊获准欧盟药品注册上市。2015年12月，“十二五”国家重大科技基础设施“高海拔宇宙线观测站”获国家发改委批准立项并于2016年8月开工建设。2016年3月，成都唯实公司下属瑞拓公司在新三板上市。2016年10月，成都分院新园区破土动工。2017年7月，中科信息公司在深交所创业板挂牌上市。2018年4月，中科院与重庆市签署协议共建国科大重庆学院；5月，国科大、成都市与成都分院签署协议共建国科大成都学院。8月，成都山地所作为特色研究所建设首批试点单位通过验收并正式运行。 

　　成都分院着力“一三五”规划，着眼“三重大”产出，创新能力显著提升，创新成果不断涌现。地形地貌相机首次从月球虹湾地区获取地球图像，激光雷达首次将激光扫描、捕获、跟踪技术应用于空间交会对接，地面望远镜系统为天地间量子通信建立信道。此外，在两栖动物系统学研究，薯类原料高效乙醇转化技术研发，西藏生态安全屏障保护、建设及评估，川藏铁路（高速公路）选线中的山地灾害防治，人脸识别，石墨烯关键技术与制备，草甘膦催化剂自主研发，集中式大会选举系统服务党和国家重大会议等方面也取得了令人振奋的成绩。获国家级奖励12项，其中国家技术发明一等奖2项、国家自然科学二等奖2项，获授权专利约2千项。 

　　2010年以来，90多家中科院系统研究机构及企业的千余个项目在川渝藏落地转化，为企业实现新增销售收入超1200亿元。成都分院获中国产学研合作促进奖、中科院科技促进发展奖、国家九部委联合颁发的《全民科学素质纲要》“十二五”先进集体等多项奖励和荣誉。成都分院还积极响应党中央精准扶贫号召，对口帮扶广元市利州区、绵阳市盐亭县和达州市开江县等区域。两获四川省“脱贫攻坚‘五个一’驻村帮扶先进集体”、“广元市先进帮扶工作队”等称号。