为加强中国科学院科研基地建设，促进基础研究、应用基础研究和社会公益性研究工作持续、稳定地发展，中国科学院于2010年12月31日批准成立中国科学院环境与应用微生物重点实验室，依托单位为中国科学院成都生物研究所。
环境与应用微生物实验室主要面向环境污染治理的国家重大需求，瞄准国家清洁生产、节能减排与区域污染治理的关键科学和技术问题，开展环境微生物和污染物生物处理、微生物绿色催化工艺与机制、生物质废弃物微生物转化与过程调控的应用基础和高技术研究。通过院重点实验室平台的建设，加强以微生物为核心的环境生物技术研究，从根本上解决环境污染与生态修复问题，对于促进和谐社会建设、解决国家经济建设与发展中的重大瓶颈问题，具有重要的战略意义和紧迫性。同时，可以达到增强中科院在该领域的科学研究实力和提高原始创新能力、加大人才储备以及提升本领域在国际上的学术地位的目的。